Historia naszej szkoły rozpoczęła się w 1962 roku. Za sprawą kierownika   Szkoły Podstawowej Nr 1 w Chełmży Pana Józefa Gduli, 1 września 1962 roku utworzono klasy specjalne przy tej szkole. Pionierskiego zadania pracy w klasach specjalnych podjęli się: doświadczona nauczycielka pani Helena Sylwester oraz rozpoczynający pracę w zawodzie nauczyciela pan Jerzy Radomski.

W marcu 1963 roku klasy specjalne zostały przeniesione do budynku przy ulicy Toruńskiej. W budynku zajmowanym przez kilka rodzin udostępniono do pracy dwie izby lekcyjne oraz maleńki pokój nauczycielski. Warunki nie były luksusowe. W izbach piece, mały korytarz, a ze wszystkich stron sąsiedzi. Uczniowie poczuli się jednak lepiej. Mieli własną szkołę, boisko, klasy. W kwietniu 1966 roku Jerzy Radomski został zastępcą kierownika Szkoły Podstawowej Nr 1 do spraw klas specjalnych, a naszym zakładem opiekuńczym - Spółdzielnia Inwalidów „Chełmet”  w Chełmży.

Klasy specjalne usamodzielniają się 01 września 1967 roku i powstaje Szkoła Podstawowa Nr 4 w Chełmży. Kierownikiem szkoły zostaje Jerzy Radomski. Funkcję tę pełnił przez kolejne 17 lat, później również jako dyrektor szkoły. Budynek szkolny wymagał kapitalnego remontu, zatem przeniesiono klasy do budynku przy ulicy Tumskiej ( obecnie mieści się w tym budynku Przedszkole Miejskie Nr 2). Powrót do budynku już wyremontowanego i urządzonego nastąpił w 1969 roku. Urządzanie nowej szkoły trwało długo, ale dawało wszystkim pracującym wiele zadowolenia i poczucie dumy. Rok 1972 obfituje w nowo przyjętych nauczycieli. Od tego roku zaczyna działać szkolna stołówka. W roku 1975 Ludwika Jagielska tworzy pierwszą drużynę Nieprzetartego Szlaku Związku Harcerstwa Polskiego.

1 września 1978 roku jako trzecia w województwie, powstaje Zasadnicza Szkoła Zawodowa. Otwarto klasę o profilu ślusarsko- krawieckim. Pierwsze praktyki zawodowe – przyszli ślusarze odbywali na terenie Spółdzielni Inwalidów “Chełmet”.  W roku szkolnym 1980/1981 Zakłady Stolarki Budowlanej w Skąpem przekazują pawilon, który ma służyć jako pracownia krawiecka.

Po 17 latach pracy Jerzy Radomski został oddelegowany na inne stanowisko,  a dyrektorem szkoły zostaje Ludwika Jagielska. Urząd ten sprawuje kolejne 8 lat.

Rok 1992 to ważne wydarzenie  w życiu szkoły, w drodze pierwszego konkursu dyrektorem szkoły zostaje Romana Wendorff – dotychczas nauczyciel zawodu. Od 1993 roku rozpoczął działalność Zespół Artystyczny „Tęcza”- artyści pod kierunkiem Grażyny Nitzler przygotowują przedstawienia bożonarodzeniowe, uatrakcyjniają uroczystości szkolne, przygotowują akademie szkolne.

Od 1 listopada 1994 roku zmieniamy nazwę i stajemy się Zespołem Szkół  Specjalnych.

W roku 1997 stanowisko dyrektora Zespołu Szkół Specjalnych obejmuje Zdzisław Kaczor. Stary budynek przy ulicy Toruńskiej nie mógł już pomieścić stale rosnącej liczby uczniów a pękające mury stawały się coraz większym zagrożeniem.   Po trzydziestu latach istnienia szkoła zostaje przeniesiona do nowego budynku przy ulicy Wyszyńskiego 7. Dostajemy do dyspozycji 9 izb lekcyjnych, cztery pracownie do nauki zawodu ślusarz, krawiec, stolarz, kucharz, gabinety dla specjalistów, salę do gimnastyki korekcyjnej, pomieszczenie na szkolną bibliotekę, stołówkę oraz świetlicę.

W związku z reforma administracyjną kraju 1 stycznia 1999 roku organem prowadzącym szkołę zostało Starostwo Powiatowe w Toruniu. Szkoła wzbogaciła się o dwie pracownie komputerowe oraz samochód Opel „Zafira”. Utworzono etat logopedy oraz pedagoga szkoły.

W latach 1999 – 2003 organizowaliśmy Regionalny Przegląd Twórczości Artystycznej Szkół Specjalnych. Profesjonalne jury oceniało działania twórcze dzieci i młodzieży w dziedzinie teatru, plastyki i piosenki. Od października 2002 roku szkoła bierze udział w kampanii społecznej „Cała Polska czyta Dzieciom”.

W 2002 roku szkole nadano imię Unii Europejskiej.

W roku 2003 szkoła otrzymała tytuł „Szkoła z klasą” a Gimnazjum nr 2 otrzymało certyfikat szkoły przyjaznej uczniom.

W roku szkolnym 2004/2005 Zdzisław Kaczor rezygnuje ze stanowiska dyrektora szkoły. Starostwo Powiatowe powierza to stanowisko Markowi Wierzbowskiemu, który pełni je przez 10 lat.

Od 01 września 2014 roku funkcję dyrektora szkoły pełni Hanna Jeżewska.

W roku 2016 powstał Ośrodek dla Dzieci i Młodzieży z Autyzmem w Chełmży. Wówczas Ośrodek zapewniał realizację wychowania przedszkolnego oraz obowiązku rocznego przygotowania przedszkolnego. Przy Ośrodku odbywają się zajęcia wczesnego wspomagania rozwoju dziecka. W 2018 roku rozpoczęła się budowa nowego budynku szkolnego, w którym powstaną nowoczesne pracownie cukiernicza i krawiecka oraz montera robót zabudowy i robót wykończeniowych. Oddanie nowego budynku odbyło  31 lipca 2019 roku.

W 2019 roku nowym dyrektorem  Zespołu Szkół im. Unii Europejskiej w Chełmży został  Grzegorz Sosnowski. W roku 2021 przy Zespole Szkół im. Unii Europejskiej w Chełmży zostaje powołany  Punkt Konsultacyjny dla Rodziców, Opiekunów dzieci z oznakami zaburzeń rozwojowych.

W roku 2022 w ramach współpracy Powiatu Toruńskiego i władz miasta Chełmży oddana została hala sportowa wybudowana na terenie szkoły podstawowej nr 5, będzie służyła ona uczniom szkoły podstawowej nr 5 oraz Zespołu Szkół im. Unii Europejskiej w Chełmży.

W kwietniu 2022 roku zostają wprowadzone zmiany w graficznym wyglądzie szkolnego loga. W roku 2022 została oddana użytku Sala Snoezelen, która jest najbardziej nowoczesną salą w Polsce. Snoezelen to metoda terapii dla dzieci i dorosłych polegająca na pobudzaniu zmysłów za pomocą dotyku, wzroku, słuchu, węchu i smaku. Pozwala  uczestnikom na niezakłócone i autentyczne doświadczanie siebie, swojego ciała oraz otaczającej rzeczywistości. Z terapii korzystają wszyscy podopieczni naszej szkoły. W maju 2022 szkoła przystąpiła do rządowego programu „Za życiem”. Program ten umożliwia małym dzieciom uczestniczenie w różnorodnych zajęciach terapeutycznych.

W ramach programu rządowego Laboratoria Przyszłości szkoła została doposażona w nowoczesny sprzęt audio-wideo. W czerwcu 2022 roku rozpoczął  się gruntowny remont obejmujący termomodernizację, stolarkę okienną oraz ciągi wentylacyjne budynku sfinansowany z Rządowego Funduszu Polski Ład.